มัสยิดรายอฟาฏอนีหรือมัสยิดรายาจะบังติกอ ตั้งอยู่ที่ ต.จะบังติกอ อ.เมือง จ.ปัตตานี เดิมเป็นมัสยิดแห่งรัฐปัตตานี เริ่มก่อสร้างเมื่อสมัยเมืองปัตตานีเป็นเมืองหรือรัฐปัตตานี มีเจ้าเมืองปกครองตนเองคือ สุลต่านมูฮัมหมัด(ตนกูบือซา) เป็นเจ้าเมืองปัตตานีช่วงประมาณ พ.ศ.2388-2399 ได้ทรงเริ่มสร้างมัสยิดประจำเมืองปัตตานี เดิมเป็นสุเหร่าอาคารไม้ สร้างในรั้ววัง ต่อมาได้ย้ายมาสร้างเป็นอาคารถาวร ณ ที่ปัจจุบันเมื่อสมัยตนกูปูเตะ(2399-2424) ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกของวังเจ้าเมือง ก่อนถึงสุสานหลวง(กูโบร์โต๊ะอาเยาะฮฺ) ต่อมาตนกูตีมุง(2424-2433) ได้ทรงแต่งตั้งฮัจญีอับดุลลาเตะฮฺ ดาโต๊ะ เป็นอิหม่ามอย่างเป็นทางการท่านแรกและได้ขยายอาคารเพิ่มเติมแต่ยังไม่ทันแล้วเสร็จสมบูรณ์ท่านสิ้นพระชนม์เสียก่อน ต่อมาตนกูสุไลมานหรือตนกูบอซู พระอนุชาตนกูปูเตะฮฺ ได้ทรงสร้างต่อจนแล้วเสร็จและได้เปลี่ยนชื่อมัสยิดเป็น “มัสยิดรายอฟาฏอนี” และทรงให้ช่างแกะสลักฝาไม้ลายเถาวัลย์มาประดับมัสยิด ส่วนประไหมสุรี (มหาสีเอก) ทรงสร้างอ่างน้ำละหมาดที่หน้ามัสยิด ต่อมาสมัยตนกูอับดุลกาเดร์(2442-2445) ได้ทรงดูแลบูรณะและพัฒนาบทบาทมัสยิดเน้นเป็นที่สอนศาสนา ภาษาและการเมือง จนถึงช่วงสุดท้ายที่ท่านถูกรัฐบาลไทยนำไปกักบริเวณที่เมืองพิษณุโลก และในปี2476 ได้ทรงอพยพไปพำนักที่รัฐกลันตันประเทศมาเลเซียจนสิ้นพระชนม์ เป็นการสิ้นสุดของการปกครองของเจ้าเมืองปัตตานีที่มีประวัติสืบทอดมาอันยาวนาน....... อิหม่ามมัสยิดรายอฟาฏอนีคนปัจจุบันคือท่านอิหม่าม ฮัจญีฮาเซ็ม อาแด รับตำแหน่งตั้งแต่ปี 2528 จนถึงปัจจุบัน